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文 章:Decoding the m6A epitranscriptomic landscape for biotechnological applications using a direct RNA sequencing approach. 期 刊:Nature Communications(影响因子:14.7) 发表时间:2025年1月18日 作 者:Liu C, Liang H, Wan A H, et al. 作者单位:中山大学附属第一医院 使用产品:Human CXCL10 ELISA Kit |
表观转录组修饰(Epitranscriptomic modifications),尤其是N⁶-甲基腺苷(m⁶A),是基因表达的关键调控因子,影响RNA稳定性、剪接和翻译等过程。传统的从Nanopore直接RNA测序(DRS)数据中检测m⁶A的计算方法依赖于经过实验验证的标签(labels),这常常导致对修饰位点的低估。在此,研究团队介绍了一种名为pum⁶a的创新性框架,该框架基于注意力机制,集成了阳性样本和未标记样本的多示例学习(multi-instance learning, MIL),以应对标签不完整和读段级注释缺失所带来的问题和挑战。通过结合电信号特征与碱基比对数据,并采用加权的Noisy-OR概率机制,pum⁶a在m⁶A检测中实现了更高的灵敏度和准确性,尤其是在低覆盖度位点方面。pum⁶a在识别不同细胞系和物种中的m⁶A位点方面优于现有方法,且无需进行大量的参数调整。
研究团队进一步将pum⁶a应用于研究胃癌在缺氧条件下m⁶A去甲基化酶的动态调控,揭示了FTO和ALKBH5在调节m⁶A修饰中的不同作用,并发现了关于m⁶A介导的转录本稳定性的关键见解。该研究结果突显了pum⁶a作为推进健康和疾病中表观转录组调控理解的强大工具的潜力,为生物技术的发展和治疗应用铺平了道路。
(pum⁶a框架的示意图)
欣博盛生物作为供应商,为该研究提供了高质量ELISA试剂盒。不仅帮助了研究团队在实验中取得可靠的数据,也彰显了我们致力于支持生物医学领域科研进展的承诺。
引用文献
Liu C, Liang H, Wan A H, et al. Decoding the m6A epitranscriptomic landscape for biotechnological applications using a direct RNA sequencing approach[J]. Nature Communications, 2025, 16(1): 798.
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该项研究中,使用了欣博盛生物(NeoBioscience Technology Co, Ltd)的Human CXCL10 ELISA Kit,用于检测AGS、MKN28及其对应的FTO或ALKBH5稳定敲低细胞的上清液中相关指标含量。
货号 | 产品名称 | 灵敏度 | 检测范围 |
QuantiCyto® Human IP-10/CXCL10 ELISA kit(人干扰素诱导蛋白10) | 1.95pg/ml | 3.9-250pg/ml |